La Battaglia contro gli Anticorpi Inaffidabili nella Ricerca Scientifica

Carl Laflamme, un ricercatore del Montreal Neurological Institute-Hospital in Canada, ha affrontato una sfida comune nella ricerca biomedica: l'incertezza sull'affidabilità degli anticorpi commerciali. In particolare, Laflamme voleva studiare la proteina codificata dal gene C9ORF72, associato alla sclerosi laterale amiotrofica (SLA), ma ha incontrato una confusione diffusa nella letteratura scientifica su dove si trovasse esattamente questa proteina all'interno della cellula.
Laflamme e i suoi colleghi hanno deciso di verificare l'affidabilità degli anticorpi disponibili, testandone 16 commerciali. Sorprendentemente, solo tre di questi hanno mostrato buoni risultati, ossia si sono legati alla proteina di interesse senza interazioni indesiderate con altre molecole. I risultati hanno rivelato che molti articoli pubblicati utilizzavano anticorpi che non si legavano affatto alla proteina target, contribuendo a una crisi di riproducibilità nella scienza biologica, con impatti negativi sul progresso della ricerca e dello sviluppo di farmaci.

Iniziative per Migliorare la Qualità degli Anticorpi

Laflamme ha collaborato con Aled Edwards dell'Università di Toronto per creare YCharOS (Antibody Characterization through Open Science), un'iniziativa mirata a caratterizzare gli anticorpi commerciali per ogni proteina umana. YCharOS si distingue per la collaborazione con i fornitori di anticorpi, che forniscono gratuitamente i campioni per i test. Gli anticorpi vengono testati confrontando la loro specificità in linee cellulari che esprimono la proteina target con la loro performance in linee cellulari "knock-out" che non esprimono la proteina.
I risultati finora sono stati sorprendenti: in un'analisi pubblicata nel 2023 su eLife, il team di YCharOS ha testato 614 anticorpi commerciali, di cui due terzi non funzionavano come dichiarato dai produttori. Nonostante ciò, l'iniziativa sta già avendo un impatto positivo, con numerosi produttori che hanno aggiornato le raccomandazioni per alcuni anticorpi e ne hanno ritirati altri dal mercato.

Problemi di Riproducibilità e Soluzioni Comunitarie

Il problema degli anticorpi inaffidabili non è nuovo. Sin dagli anni 2000, i ricercatori hanno segnalato problemi di specificità e selettività degli anticorpi disponibili in commercio, portando a richieste per un organismo indipendente che certificasse l'efficacia di questi reagenti. Oltre a YCharOS, sono nate altre iniziative, come gli Organ Mapping Antibody Panels (OMAPs), che si concentrano sulla validazione degli anticorpi in diversi contesti, come nei tessuti umani e in vari metodi di imaging.
Un'altra sfida è la difficoltà nel rintracciare gli anticorpi utilizzati nelle pubblicazioni scientifiche. Nel 2009, Anita Bandrowski ha fondato SciCrunch, una piattaforma per condividere dati scientifici, inclusi identificatori univoci e persistenti per gli anticorpi e altre risorse. Questi identificatori aiutano a evitare confusioni dovute a numeri di catalogo simili o discontinuità dei prodotti, migliorando così la tracciabilità e la riproducibilità degli esperimenti.

L'Evoluzione verso Anticorpi Ricombinanti

Una delle soluzioni più promettenti per affrontare il problema degli anticorpi inaffidabili è la transizione verso anticorpi ricombinanti. A differenza degli anticorpi tradizionali, prodotti in animali, gli anticorpi ricombinanti vengono creati in cellule geneticamente ingegnerizzate, garantendo una produzione infinita e costante nel tempo, senza variazioni tra i lotti. Questo approccio è stato sostenuto da più di 100 scienziati in un articolo del 2015, che esortavano la comunità a passare agli anticorpi ricombinanti per migliorare la riproducibilità nella ricerca biomedica.
Alcuni produttori stanno già adottando questo approccio. Ad esempio, la società Abcam ha aggiunto oltre 32.000 anticorpi ricombinanti al suo portafoglio. Secondo Rob Meijers, direttore della piattaforma di anticorpi dell'Institute for Protein Innovation, l'uso di anticorpi ricombinanti non solo migliora la riproducibilità, ma rende anche più facile standardizzare i processi di produzione.

Il Futuro degli Anticorpi nella Ricerca

Nonostante i progressi, cambiare le abitudini dei ricercatori rimane una sfida significativa. Molti scienziati sono riluttanti ad ammettere che un anticorpo che hanno usato per anni potrebbe non essere affidabile. Tuttavia, iniziative come YCharOS e la comunità Only Good Antibodies (OGA), co-fondata da Harvinder Virk, stanno cercando di coinvolgere tutti gli attori del settore, inclusi ricercatori, produttori e agenzie di finanziamento, per migliorare la qualità degli anticorpi e la riproducibilità della ricerca.
La comunità scientifica si sta muovendo nella giusta direzione, con giovani ricercatori determinati a risolvere il problema come un "branco di lupi" che lavora insieme, come afferma Andrea Radtke. La speranza è che questi sforzi portino a un miglioramento significativo nella qualità degli strumenti utilizzati nella ricerca, contribuendo a un progresso scientifico più solido e affidabile.
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